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副教授
michael.mcmurray@www.dc-118.com | |
303-724-6569 | |
博士,华盛顿大学和弗雷德哈钦森癌症研究中心,2004年 |
图1所示。人类septin SEPT2与非水解GTP类似物GppNHp (PDB 3FTQ)结合的同二聚体结构,其残基与我们在温度敏感酵母中发现的残基呈球形。GppNHp以橙色显示。来自Weems, et al GENETICS 2013。
图2。伴侣介导的高阶隔段组装质量控制模型。从核糖体产生的新生septin多肽在随后的从头折叠过程中遇到许多细胞质伴侣。野生型隔素有效地采用准天然构象,从而掩盖疏水残基,避免伴侣介导的隔离。与其他隔素的异二聚——朝向隔素丝组装的第一步寡聚——伴随着胞质伴侣蛋白CCT(也称为TRiC)的腔室的退出而发生。突变sepatin不能有效折叠G异质二聚体界面,从而较慢地实现允许伴侣释放的构象。与预折叠素复合物(PFD)、Hsp40伴侣Ydj1和解聚酶Hsp104的相互作用尤其延长,导致突变体septin用于异质寡聚的可用性延迟。来自约翰逊等人Mol生物细胞2015.
图3。酵母隔素异八聚体的阶梯式组装模型。来自Weems & McMurray,eLife2017.
图4。septin突变酵母细胞前膜(PSM)生物发生缺陷的模型。SPB,主轴极体;LEP,前缘蛋白。来自Heasley & McMurray,细胞分子生物学“,2016.
我们的研究重点是识别大分子复合物组装的分子机制,重点是由septin蛋白形成的多亚基复合物。所有的细胞过程都需要多亚基复合体的功能,虽然很多注意力都放在了解决这种组合的最终结构上,但相对而言,很少有人知道单个亚基如何采用寡聚能力构象,并在拥挤、动态的细胞环境中找到它们的伙伴亚基。以下是我们小组过去的研究总结。
我们首先使用了无偏倚基因筛选,发现证据表明鸟嘌呤核苷酸结合的septin蛋白在丝组装过程中发挥了完全的结构作用,这可以通过关键的septin-septin寡聚界面的特定突变来绕过。考虑到其中一种突变已被发现可导致人类男性不育,这些发现具有令人信服的临床相关性。
然后,我们研究了一种现象,当细胞在给定的septin的野生型和突变型之间进行选择时,无法结合核苷酸的突变型septin在高阶组装过程中受到歧视,尽管它们在测试条件下具有正常功能的能力。我们发现,新生突变多肽与细胞质伴侣之间的长时间相互作用导致突变septin获得与其他septin寡聚构象的动力学延迟。我们的发现挑战了伴侣及其客户之间的相互作用总是促进突变蛋白功能的主导范式,并提供了一种新的思考方式,即伴侣相互作用如何影响蛋白质突变等位基因扰乱野生型功能的能力。这项工作发表在细胞分子生物学“,在2015年细胞周期在2016年。
我们继续开发了一种全新的技术,首次在活细胞中监测蛋白质复合物的逐级组装途径,并使用它来显示核苷酸诱导的构象变化如何驱动酵母隔素这种有序途径的进展。此外,我们生成并验证了一个新的模型,用于研究隔肽在寡聚过程中核苷酸水解的作用,并发现一个关键的隔肽亚基的缓慢GTPase活性驱动由替代亚基组成的不同异质寡聚物的形成。我们的“GTPase timer”模型预测,细胞质中GTP与GDP比值的变化会影响隔素复合物的亚单位组成。我们的实验支持了这一模型,并进一步为为什么septin复合物的组成被调节到细胞的代谢状态提供了功能背景。
在萌芽酿酒酵母在细胞中,septin复合物仅限于异八聚体,但在其他物种中也发现异六聚体,其中与酵母Cdc10对应的“中央”亚基在组装过程中被绕过。当时还不清楚这种替代装配途径是如何工作的。基于一个偶然的发现,小分子胍盐酸盐(GdnHCl)恢复cdc10突变体的高温生长,我们发现其他物种的六聚体组装(和cdc10旁路)涉及Cdc3同源物的GTPase活性。GdnHCl的胍基似乎取代了一种关键精氨酸残基的胍基,这种残基存在于其他制造Cdc10-less六聚体的物种(包括人类)的Cdc3同源物中,并且在酿酒酵母Cdc3和and中缺失克鲁维酵母菌属lactis.因此,六聚体vs八聚体的决定可能依赖于Cdc3位置上septin亚基的GTPase活性较低,就像酵母八聚体中末端亚基的选择依赖于Cdc12位置上septin亚基的GTPase活性较低一样。
最后,我们的工作首次表明,GdnHCl可以用于功能性地替代活细胞中“缺失”的精氨酸侧链。由于GdnHCl是fda批准的人类使用的药物,并且由于精氨酸是导致人类疾病的错义突变中最常见的突变氨基酸,这些发现可能为使用GdnHCl治疗各种人类遗传疾病铺平道路。这项工作是与巴黎的Aurélie Bertin和北卡罗来纳大学教堂山的Amy Gladfelter实验室合作完成的,发表在eLife在2020年。
我们研究了酵母配子发生特异性septin亚基的功能,确定它们在指导新膜和细胞壁的生物发生中起着重要而独特的作用。由于隔素在人类配子体发生中也起着重要的作用,但人们对其了解甚少,这些发现也与人类隔素功能有关。这项工作在一定程度上是与加州大学伯克利分校的杰里米·索纳和伊娃·诺加利斯的实验室合作完成的细胞分子生物学“,和细胞生物学杂志在2016年。
我们还与Ravi Manjithaya实验室(印度Jawaharlal Nehru高级科学研究中心)合作,表明酵母septin在饥饿细胞的宏观自噬中发挥早期作用。考虑到参与自噬的膜动力学和参与前膜生物发生的膜动力学之间的相似性,这些发现扩展了我们对隔膜蛋白在膜动力学中的功能的理解。这项工作发表在细胞科学杂志在2018年。
最后,我们研究了一种小分子(用于氯吡脲,FCF)作用的分子基础,这种小分子被认为专门作用于非植物真核生物中的隔素丝组装,因此被许多研究人员用作“隔素药物”。我们使用四种不同的真核细胞类型,发现了脱靶效应的明确证据。这项工作发表在真核细胞在2014年。
我们的研究挑战了热力学(即在溶液中随机碰撞的蛋白质之间的亲和性)是蛋白质复合物组装的主要驱动力的观点,并倾向于在蛋白质折叠动力学和蛋白质-蛋白质相互作用之间的协同作用中发挥很大程度上不被重视的作用。我们现在将注意力集中在隔素蛋白在活细胞中折叠的机制,以及我们从有丝分裂酵母隔素研究中获得的见解如何应用于其他发育环境中的隔素,以及由非隔素蛋白组成的低聚物。
酿酒酵母septin从头折叠的伴侣要求.Daniel Hassell, Ashley Denney, Emily Singer, Aleyna Benson, Andrew Roth, Julia Ceglowski, Marc Steingesser和Michael McMurray。2022
蛋白酶体活性调节淀粉样蛋白毒性。加尔文,约翰;伦,伊丽莎白;Arteaga,旧金山;古森斯,艾丽西亚;尼基Aubuchon-Endsley;McMurray,迈克尔;杰弗里·摩尔;汉森,柯克;海蒂Chial;波特,亨廷顿; Brodsky, Jeffrey; Coughlan, Christina. 2022
会议报告-永远迷人的septin世界。《安妮塔芭蕾舞团》,迈克尔·a·麦克默里,帕特里克·w·奥克斯,2021年
酿酒酵母配子发生过程中交配型基因表达的转录后控制。Randi Yeager, G. Guy Bushkin, Emily Singer, Rui Fu, Benjamin Cooperman和Michael McMurray。2021
通过自然发生的小分子对活酿酒酵母细胞中的突变蛋白进行化学拯救。Daniel S Hassell, Marc G Steingesser, Ashley S Denney, Courtney R Johnson, Michael A McMurray。2021
用分裂yfp在出芽酵母中鉴定的细胞质伴侣对肿瘤源性p53突变体的选择性功能抑制。阿什利·S·丹尼,安德鲁·D·威姆斯,迈克尔·A·麦克默里。2021
酵母孢子出生时预极化,从孢子-孢子连接中生长出来并穿透子囊壁。莉迪亚·希斯利,艾米丽·辛格,本杰明·j·库伯曼,迈克尔·a·麦克默里。2020
不对称的大师——来自50年septins的教训和观点。Spiliotis ET和McMurray MA。2020
盐酸胍在出芽酵母中重新激活古老的septin异聚物组装途径。Johnson CR, Steingesser MG, Weems AD, Khan A, Gladfelter A, Bertin A, McMurray MA。2020
颠倒过来:人隔素异质寡聚物的组织。麦克默里MA和索纳JT。2019
隔膜对膜曲率的长短感测。McMurray马。2019
在酿酒酵母中,septin参与了巨噬的早期阶段。Barve G, Sridhar S, Aher A, Sahani MH, Chinchwadkar S, Singh S, K N L, McMurray MA, Manjithaya R. 2018
出芽酵母中隔素异八聚体组装的阶梯式途径。王志强,王志强。2017
将新生蛋白质折叠与亚基交换偶联成预先形成的低聚蛋白复合物:“可遗传模板”假说。McMurray马。2016
septin的小分子扰动。Heasley LR, McMurray MA。2016
从从头折叠到聚合,酵母中隔素丝组装的遗传解剖分析。McMurray马。2016
新生隔素丝组装过程中的动态分区为突变隔素功能创造了一个关键的G1“机会窗口”。谢弗RM,希斯利LR,奥德DJ,麦克默里MA。2016
发育特异性septin的组装、分子组织和膜结合特性。Garcia G 3rd, Finnigan GC, Heasley LR, Sterling SM, Aggarwal A, Pearson CG, Nogales E, McMurray MA, Thorner J. 2016
分离素在酿酒酵母胞前膜形态发生和孢子壁组装中的作用。Heasley LR, McMurray MA。2016
胞质伴侣介导出芽酵母中高阶隔素组装的质量控制。Johnson CR, Weems AD, Brewer JM, Thorner J, McMurray MA。2015
septin药物氯吡脲对非植物真核生物的脱靶效应。希斯利LR,加西亚G 3,麦克默里MA。2014
前倾:对温度敏感突变体的遗传分析揭示了低聚蛋白复合物组装的秘密。McMurray马。2014
高阶septin组装由gtp促进的构象变化驱动:来自酿酒酵母无偏突变分析的证据。Weems AD, Johnson CR, Argueso JL, McMurray MA。2014
天然半胱氨酸残基对于所有五种酵母有丝分裂间隔素的结构和功能都是不可缺少的。马茂瑞,刘林林,陈雄雄,张志刚,张志刚,张志刚。2013
酿酒酵母中隔蛋白纤维网络的三维超微结构。2012 . Bertin A, McMurray MA, Thorner J, Peters P, Zehr E, McDonald KL, Thai L, Pierson J, Nogales E
亚单位依赖性的隔素组装调制:出芽酵母隔素Shs1促进环和纱布的形成。李志刚,李志刚,李志刚,李志刚。2011
与影响septin组装突变的基因相互作用揭示了ESCRT在出芽酵母胞质分裂中的功能。2011 . McMurray MA Stefan CJ Wemmer M Odorizzi G Emr SD Thorner J.
在出芽酵母中,Septin丝的形成是必不可少的。2011 .马麦克莫里,林林,李志刚,李志刚
磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸促进出芽酵母隔丝的组装和组织。Bertin A, McMurray MA, Thai L, Garcia III G, Votin V, Grob P, Allyn T, Thorner J和Nogales EE。2010
信息素诱导的酵母质膜磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸分布的各向异性是MAPK信号传递所必需的。刘志刚,刘志刚,刘志刚。2010
再利用,替换,再循环:出芽酵母有丝分裂和减数分裂过程中高阶隔素结构亚单位遗传和组装的特异性。2009
在细胞分裂和发育的动态结构转变中Septin的稳定性和循环。McMurray MA Thorner J. 2008
酿酒酵母隔肽:异质低聚物的超分子组织及灯丝组装机制。王晓明,王志强,王志强,王志强,王志强。2008
兰迪耶格尔
博士生(分子生物学方向)
Marc Steingesser
实验室经理(和实验室爸爸)
Aleyna本森
专业研究助理
本库普曼
博士生(分子生物学方向)
丹尼尔·哈塞尔
美国科罗拉多大学博尔德分校分子、细胞与发展项目博士生
阿什利·丹尼博士
科罗拉多大学硕士研究生(MSTP)
安德鲁·罗斯博士
研究作者和管理专家在副校长办公室的研究,科罗拉多大学AMC
摩根大通(J.P. Darling-Munson
火箭制药公司AAV研究助理
艾米丽的歌手
普林斯顿大学分子生物学专业博士生
莉迪亚·希斯利博士
美国科罗拉多大学生物化学与分子遗传学系助理教授
安德鲁·威姆斯博士
德克萨斯大学西南医学中心达瑟实验室生物信息学吕达希尔系博士后讲师
考特尼约翰逊
牙科学院的学生,科罗拉多大学
雷切尔奇科夫
消化内科PRA,科罗拉多大学
Christina Coughlan,博士,FCP, SI, EMT
美国科罗拉多大学神经学系研究讲师
由国家科学基金会资助,奖金为1928900
经过100年的研究,出芽酵母酿酒酵母是最了解真核细胞。一个关键的特征使酿酒酵母单倍体和二倍体相的有效交替是遗传操作的一个强大工具(图1)。在营养剥夺时,大多数二倍体酿酒酵母菌株进行减数分裂和产孢,通常在每个产孢细胞内产生四个单倍体孢子。每个孢子都被包裹在一个特殊的壁中,可以抵抗各种环境压力。由于两种交配类型在一个位点上反映了不同的等位基因,每次减数分裂产生两对相反交配类型的孢子,“a”和“α”。在实验室中,我们通过物理分离来防止孢子之间的交配,然后将它们暴露在营养物质中,这使它们能够从孢子壁生长出来(“发芽”),并通过出芽无限增殖(图1)。尽管来自大多数自然分离株的单倍体孢子能够转换交配类型,并通过随后与其中一个后代交配,恢复到二倍体状态(图1),但实验室使用的单倍体菌株不能转换。相反,二倍体是由放置在近距离的单倍体交配随意产生的。在单倍体阶段操纵基因和研究效果,然后通过交配/重组/产孢结合不同的等位基因的能力是酵母遗传学的基础。在实验室环境中利用这个生命周期扩展了我们对细胞和分子生物学的理解酿酒酵母其细节程度是其他真核生物无法比拟的。
尽管(或者更有可能是因为)我们专注于酿酒酵母作为人类生物学的一个模型,酵母领域往往忽略了酵母生物学中在人类细胞中缺乏直接对应物的方面。直到最近,我们才开始意识到,为了充分了解酵母生物学,我们必须考虑这种有机体在实验室之外是如何生活的。
由于在实验室中,发芽几乎总是与孤立的孢子进行,大多数酵母研究人员认为,如果孢子保持接触,它们就会始终交配。不是真的!孢子经常发芽,即使它们就在潜在的交配对象旁边。为什么?孢子是如何决定交配还是发芽的?
我们想要了解一个正在萌发的孢子芽和它的配偶在什么情况下发生变化。本推广计划的研究目标是测试一种假设,即一种天然酵母菌在萌芽时的萌芽与交配的趋势可以通过评估来预测何基因的功能。的何基因是交配类型转换所必需的,仅在至少发芽一次的单倍体细胞中表达(图1)。何被认为已经进化到允许在孢子分散的情况下返回二倍体。这种特征被称为同源性;做不到这一点的就是异教主义。如果一个菌株从不产生孢子或总是在萌发时交配(没有“孤独的孢子”),何从不表达,原则上,突变可以累积。
我们假设天然酵母分离株携带突变体何但能够产孢的等位基因在萌发时倾向于子囊内交配。为了验证这一假设,我们从野外分离出酵母菌,对其进行测序何并对种子萌发时的产孢能力和芽对配偶的决定进行评价。
为了让公众参与科学研究,丰富公立学校教育,同时也推进我们项目的研究目标,我们让普通公众参与从橡树树皮或酵母发酵剂中分离和鉴定酵母菌菌株,以万博手机版下载及确定在橡树中突变何导致配合型开关缺陷。在这里,我们提供了我们开发的一系列资源,我们希望这些资源对其他进行类似推广工作的团体有价值。
2019年10月,我们第一次将科罗拉多基督教大学的本科生纳入到与莫雷中学六年级学生的拓展活动中。CCU的学生(生物和基础教育专业)直接接触到了向中学生教授生物的情况。万博手机版下载CCU的学生还收到了橡树树皮样本,并成功地从其中分离出酵母,包括酿酒酵母的PCR结果证实ITS2DNA和测序。在COVID-19大流行关闭时,CCU的学生试图放大何基因测序。因此,CCU的学生也接受了直接的生物研究实践培训。
描述 | 文件/链接 |
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介绍演讲 | 野生酵母项目。pdf |
DNA条形码讲座 | 物种ID通过DNA测序。pdf |
酵母的显微鉴定 | 树皮培养物的野生酵母显微镜观察 |
芝士公园发现的橡木酵母地图 | FinalCheesmanYeastMap.pdf |
由于2019冠状病毒病大流行,莫雷中学和奥罗拉科技学校关闭,原定的2020年春季拓展活动无法进行。迈克尔·麦克默里(PI Michael McMurray)定期参加一个完全由志愿者主导的年度静修会,该静修会是为有极具天赋孩子的家庭举办的(PG静修会,简称PGR;www.pgretreat.org).原定于2020年6月底举行的现场活动被取消,迈克尔自愿帮助设计和执行一套虚拟在线活动。迈克尔意识到,随着与大流行相关的就地隔离命令的使用和创造酵母酵母的爆炸式增长,大量PGR注册者可能会对一种修改后的野生酵母分离外扩活动版本感兴趣,将酵母酵母酵母作为酵母来源。
迈克尔接受了来自北卡罗莱纳州立大学“公共科学实验室”(http://robdunnlab.com),一直在组织“酸面团的科学”市民科学计划(http://robdunnlab.com/projects/wildsourdough),要求来自世界各地的公民测量酸酵母的特性。然后,迈克尔招募了20名PGR注册者参加一个为期7周的项目,其中包括许多与中学生相同的活动,但也包括使用自制培养基从发酵剂中分离酵母,并将酵母邮寄到麦克默里实验室进行分析。我们成功了!
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介绍演讲 | 野生酵母 |
DNA条形码讲座 | 酵母和我 |
家庭微生物学基础讲座 | 从启动物中分离微生物 |