研究人员生物医学信息系(DBMI)在科罗拉多大学医学院自2020年全球大流行开始以来，率先采用了一种创新方法来综合和汇编关于COVID-19的准确信息。
审查了数千篇关于COVID-19的研究文章，由凯西·格林博士他是DBMI的创始主席，以及在该部门工作的计算生物学家haley Rando博士格林实验室他在基于云的合作平台GitHub上将研究结果汇编成一份600多页的手稿，标题为“SARS-CoV-2和COVID-19:诊断和治疗学的演进回顾”。
兰多解释说:“我们写的基本上是一本关于COVID-19的书，被引用的次数相对较多。”“它比典型的手稿更有活力。我们对这种奇怪病毒的理解在不断发展，这份手稿讲述了这个故事。”
活手稿提供了在大流行期间进行的研究的罕见的在线历史记录。Greene说，建立全球研究联系，每天整理一波又一波的新数据，打击错误信息，这些努力远远超出了利用技术的范畴。
“你如何把这些非常感兴趣的人联系起来，让他们承担一个完全无法克服的挑战，并从中有所作为?”他问道。“哈利就是这么做的。”
它是如何开始的
兰多于2020年初开始了她的博士后研究生涯，当时她刚刚开始在实验室工作，大流行的封锁打乱了她收集DNA样本的计划。随着病毒的迅速传播，妨碍了像兰多这样的实验室研究，在大流行的前四个月发表了2万多篇文章，这就产生了一个评估、综合和总结研究结果的社区的新需求。
兰多说:“我们很多人都被孤立在家里，在家里阅读文献，错过了通常能帮助我们理解各种新数据的社区。”“对于初入职场的人来说，离开实验室是毁灭性的。我们的职业生涯依赖于研究成果。”
许多关于COVID-19的早期文章都是由传统出版商和预印本服务器加速发表的，因为研究人员试图了解这种新的病原体。预印本不经过同行评审，一些传统出版商加快了编辑流程，包括同行评审，以便在大流行早期快速传播COVID-19内容。
兰多在格林的指导下开始审查这一洪流般的内容。她和其他研究人员于2020年3月20日发起了一个COVID-19审查联盟。所有成员都远程工作，致力于总结、综合和审查有关COVID-19的文献，并作为一个有趣的用例获得了国际杂志《自然》的关注在分布式创作平台上．
自项目启动以来，该团队已扩大到50多名作者，撰写了20多万字，审查了2000多篇关于COVID-19的论文。他们已经发布了七份预印本，其中三份已在该杂志上发表mSystems他还在有关开源软件和“活文档”的会议上展示了自己的工作。
合作写作的未来
传统上，科学合作包括在合作者之间通过电子邮件发送Word文档或在谷歌Workspace上使用共享文档。
由于预计该联盟将成为一次重大合作，评审员转而使用了Manubot，“这是一款非常酷的软件，”兰多说。Manubot是在Greene的实验室中开发的，目的是为了便于对深度学习的进展进行文献综述，深度学习是另一个快速发展的领域，需要作者之间的实时协作。Manubot不断整合多个合作者的工作，逐行修订标记显示每个修订的日期和来源。通过使用GitHub管理Manubot项目，合作者可以远程参与共享文档。
Manubot允许COVID-19联盟使用版本控制工具添加和编辑内容，以跟踪修订和贡献。这使得团队领导者Rando能够管理和协调数十位作者的贡献。除了撰写自己的评论，她还编写了培训材料，并为从未使用过GitHub(更不用说Manubot)的研究人员提供一对一的技术支持。
该团队还扩展了Manubot，使其能够将跟踪COVID-19数据的外部来源的数据直接集成到手稿中，从而使数字、表格、统计数据甚至文本本身能够根据快速变化的大流行进行更新。
开源，团队努力
最初，该联盟专注于COVID-19的发病机制和潜在的治疗方法。随着大流行的传播，该团队扩展到COVID-19的其他研究领域，包括诊断、社会决定因素、营养药品和疫苗。
对该项目做出大量贡献的研究人员是罗南·洛丹(Ronan Lordan)博士，他是宾夕法尼亚大学的博士后，具有临床营养和生物化学背景。他此前曾担任《。》等期刊的同行审稿人《柳叶刀》他最初的动机是贡献他的专业知识来审查吹捧羟氯喹的文章。
“当时根本没有羟氯喹的试验，”他说。“获得正确的信息很重要。我们的效率很高。随着信息的发展，我们会纠正这一记录。”
洛丹继续为该联盟审查文章，重点是补充剂和营养。
随着COVID-19文献的不断增加，该项目还没有结束的迹象。兰多说，团队一直在寻找新的贡献者。该项目可以在GitHub在这里．
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2023年1月31日